Если вы будете использовать его только на этих двух машинах и планируете быть религиозными, чтобы правильно размонтировать диск, прежде чем отключать USB / отключать его, тогда да, рекомендуется ext4.
ext4 будет дают вам улучшенную производительность по сравнению с ext3, особенно при попытке записи нескольких файлов одновременно или при создании большого файла. Компромисс - это немного более высокий шанс потери данных, если диск не был правильно отключен.