Еще одна большая, еще не упомянутая, что Linux имеет лучшие файловые системы. Производительность NTFS с небольшими файлами не так уж полезна - ext3 лучше, а ext4 намного, намного лучше. Есть несколько интересных предположений о том, почему в другом вопросе.
Когда вы открываете программу, значительная часть времени запуска загружает кучу крошечных файлов с диска, поэтому с файловой системой, которая делает это быстро очень важно.
Для будущих читателей, желающих создать закладки для удаленных мест, которые не будут использоваться по умолчанию для корневой папки или домашней папки удаленного пользователя:
Создать закладку Редактировать закладки (ctrl + b) и указать удаленный путь в поле местоположения