Rsync между двумя серверами с разными версиями ОС

Вам не обязательно удалять разделы Windows. Просто загрузитесь с компакт-диска Windows и нажмите «Восстановить компьютер». После этого вам придется восстановить Grub2 (см. Страницу wiki grub2 ubuntu).

Поскольку вы не можете, размещение ОС на разных устройствах возможно более разумное решение из-за сбоев HDD.

Вы могли бы также поэкспериментировать с RAID для данных или даже для вашего раздела Ubuntu.

Вы можете, конечно, также экспериментировать с RAID для данных или даже для вашего раздела Ubuntu.