Я отформатировал весь диск, кроме раздела Windows, и сделал два раздела. Один для Ubuntu и один для личных вещей.
Мой раздел Ubuntu находится в ext4, поэтому Windows его не распознает. Но другой мой раздел - NTFS. Но Windows также не распознает это. Я использую 12.04 вместе с Windows 7 Professional.
Попробуйте отформатировать раздел в Windows и посмотрите, читает ли его Ubuntu.