Мне кажется, что как-то nautilus работает как root и заменяет yourdesktop. Обычно этого не должно быть.
Однако, это вероятное решение. Используйте
gksu nautilus --no-desktop
при запуске nautilus как root.
Если у вас возникла проблема изменения вашего рабочего стола, как и раньше, запустите:
gksu killall nautilus
или с терминала:
sudo killall nautilus
.