Вероятно, это ошибка в Nautilus или в одной из библиотек, которую вы используете, и несколько раз вычисляет пространство, используемое некоторыми файлами из-за рекурсивных символических ссылок или что-то еще, и включая все разделы, которые вы установили, возможно, включая удаленных монтировок.
Что говорит о запуске df -h в терминале?
В Linux Mint 17.2 есть gnome-калькулятор. Он имеет свои финансовые ставки, размещенные в /home/<user>/.cache/gnome-calculator. Поэтому я использовал это:
rm /home/petr/.cache/gnome-calculator/eurofxref-daily.xml
При запуске калькулятора появился новый файл xml со ставками. Но в любом случае, калькулятор имеет все ставки, округленные с любопытством. Он не дает правильных значений в соответствии с этими ставками.