Можно ли настраивать расширения только из браузера или интерфейса командной строки? (Команда для него - gnome-shell-extension-prefs
). Могу ли я добавить для него пункт главного меню?
Вы можете использовать alacarte для создания пункта главного меню.
Просто добавьте gnome-shell-extension-prefs
в соответствующее поле команды, и вы должны иметь его в главном меню.