Восстановление флагов gcc и g ++

Да. Некорректный тильда-персонаж как отдельный аргумент расширяется до вашего homedir. Таким образом, rm -r ~ расширился до rm -r /home/yourusename. Поэтому вы сказали rm рекурсивно удалить все файлы в вашем homedir.

См. Http://www.gnu.org/software/bash/manual/bashref.html#Tilde-Expansion для получения дополнительной информации о том, как расширение тильды работы.