Что вы пытаетесь сделать? Открыть JAR в качестве архива или запустить приложение, упакованное в JAR? Лично у меня была проблема, потому что Dolphin (файловый менеджер по умолчанию KDE) запустил архиватор в каждом JAR-файле, и архиватор открыл JAR как обычный ZIP.
Вы можете использовать такой скрипт и установить его как приложение по умолчанию для всех файлов .jar. Он будет выбирать, что делать - открыть архив или запустить приложение Java - в зависимости от расширения файла:
#!/bin/sh
basename=`basename "$1"`
extension=`echo "$basename" | awk -F . '{print $NF}'`
if [ "$extension" = "jar" ]
then
java -jar "$1" # open JAR files with Java
else
ark "$1" # open ZIP archives with your archiver (mine is Ark)