Я не знаю, какую версию Dropbox вы, ребята, говорите. Из Dropbox v0.7.110 есть опция, которая позволяет вам выбрать, какое место в папке будет использоваться для процесса синхронизации.
Кроме того, с помощью Ubuntu Tweak можно легко управлять папками. И вы можете изменить расположение папки «Документы» (в примере) на другое место в вашей файловой системе или на другом жестком диске.
Извините, если мой ответ слишком поздний.
Отредактировано, чтобы включить скриншот Ubuntu Tweak: