Поскольку Ubuntu по умолчанию использует Anacron, вы уже имеете это поведение, поместив скрипт в /etc/cron.daily. Проверьте run-parts --test /etc/cron.daily, чтобы проверить, был ли выбран ваш сценарий (что важно, расширение .sh и бит + бит). См. Эту страницу wiki и man anacron для получения более подробной информации о том, почему это будет работать для вас.