После подсчета символов в вашем скрипте (SMOP), я заметил, что у вас есть номер ODD (49) из символов «'». Вокруг строки 105 у вас есть unescaped «'»:
as_user "screen -p 0 -S craftbukkit -X eval 'stuff \"say $SERVERNAME is shutting down in 30 seconds! Please stop what you are doing. Check back later, we'll be back!\"\015'"
Попробуйте быть более формальным: «..., мы вернемся ...» [ ! d2]
Серьезно, один unescaped «'» будет путать синтаксический разбор оставшейся части скрипта (где новый «сопоставление» ' »?).
Исправить это, затем используйте -x и -v и прочитайте man bash.
Amazon webapp - неправильно, IMHO-испеченный в unity-webapps-common, как правильно говорит Флориан. Если вы хотите удалить его, не удаляя пакет, выполните:
sudo rm -rf /usr/share/applications/ubuntu-amazon-default.desktop