Если я использую меню в правом верхнем углу и скажу, что выключить компьютер, то перейдет к экрану выхода из системы, где мне нужно будет щелкнуть внизу справа и сказать ему, чтобы он выключился снова.
из терминала, если я скажу sudo poweroff, он делает то, что ожидал. Что с этим делать?
Это ошибка. Я тоже столкнулся с проблемой. Вот отчет об ошибке по этой проблеме: https://bugs.launchpad.net/ubuntu/+source/gnome-session/+bug/838792