Ошибка вызвана этой строкой:
update-alternatives: error: alternative link /usr/lib/xorg/extra-modules is already managed by x86_64-linux-gnu_gl_conf.
В этом случае без всякой необходимости принудительно настроить конфигурацию libgl1-mesa-glx и решить ваши проблемы.
Run:
sudo dpkg --force-all --configure libgl1-mesa-glx
Далее следуют:
sudo dpkg --configure -a
И затем (на всякий случай):
sudo apt-get -f install
Чтобы принудительно установить это специфический libgl1-mesa-glx с нуля, сделайте пожалуйста:
wget http://mirrors.us.kernel.org/ubuntu//pool/main/m/mesa/libgl1-mesa-glx_7.10.2-0ubuntu2.1_amd64.deb sudo dpkg --force-all -i libgl1-mesa-glx_7.10.2-0ubuntu2.1_amd64.deb