Не действительно, нет.
Загрузка ОС связана с загрузкой ядра, которое управляет оборудованием, а затем запускает ряд других программ. chroot запускает программу (как правило, оболочку, из которой вы можете запускать другие программы) под вашим текущим ядром, только ядро лежит в программе и делает вид, что корневой каталог - это другой каталог, чем тот, который он действительно использует в качестве корень. Следовательно, имя команды, потому что оно меняет корневой каталог.
В вашем случае debootstrap устанавливает дерево каталогов, которое подходит для использования в качестве корневого каталога. Вы можете загрузить ядро и сказать, что он использует этот каталог в качестве корня вместо обычного корневого fs, и вы будете загружать эту систему. Используя chroot, вы можете запускать программы так, как если бы они запускались под ядром, которое загружалось с использованием этого каталога в качестве его корня, но при этом не было необходимости делать это.