Можно ли просто установить Unity 2D и Unity 3D одновременно, не нарушая ни одну из них? Какая разница, в любом случае? 2D (QT) против 3D (GTK2)?
Да, это возможно.
Насколько я знаю, Unity 2D написана с использованием Qt,
3D-версия представляет собой плагин compiz.
Да, это должно быть легко установить как без поломок (в отличие от GNOME Shell).
Хотя 2D-версия сама запрограммирована в QT, базовыми приложениями для Unity 2D и 3D могут быть QT или GTK. Это не имеет значения.