ffmpeg

Я думаю, ffmpeg справится со своей задачей, просто скопировав все потоки и выведя их в контейнер mkv. Информация не теряется / не перекодируется.

ffmpeg -i input.mt2s -scodec copy -acodec copy -vcodec copy -f matroska input.mkv

Самый простой инструмент для использования - mkvmerge, который является частью пакета mkvtoolnix. Чтобы преобразовать файл:

sudo apt-get install mkvtoolnix
mkvmerge -o output.mkv input.m2ts

Пример вывода:

mkvmerge v6.1.0 ('Old Devil') built on Mar  4 2013 20:24:55
'input.m2ts': Using the demultiplexer for the format 'MPEG transport stream'.
'input.m2ts' track 0: Using the output module for the format 'AVC/h.264'.
'input.m2ts' track 1: Using the output module for the format 'AC3'.
'input.m2ts' track 2: Using the output module for the format 'PGS'.
The file 'output.mkv' has been opened for writing.
'input.m2ts' track 0: Extracted the aspect ratio information from the MPEG-4
 layer 10 (AVC) video data and set the display dimensions to 1920/1080.
Progress: 100%
The cue entries (the index) are being written...
Muxing took 4 minutes 20 seconds.

С помощью Handbrake вы можете конвертировать все виды файлов:

Поддерживаемые источники:

• Любой DVD или Bluray -подобный источник: папка VIDEO_TS, образ DVD, настоящий DVD или bluray (незашифрованный - удаление защиты от копирования не поддерживается), а также некоторые файлы .VOB, .TS и M2TS
• Большинство любых мультимедийных файлов, которые можно получить libavformat для чтения и libavcodec для декодирования.

Выходы:

• Формат файла: MP4 (M4V) и MKV
• Видео: MPEG-4 (ffmpeg), H.264 (x264) или Theora (libtheora)
• Аудио: AAC, CoreAudio AAC (только для OS X), MP3 или Vorbis. Сквозной AC-3, сквозной DTS (только MKV) "