Почему в Ubuntu используются два оконных менеджера: Compiz и Metacity?

Они не используются одновременно, но я вижу причину путаницы.

• Metacity занимается легким компостированием, а также декорирует окна.
• Compiz только надевает управление окнами и передает оформление окна на gtk-window-decorator или emerald. По умолчанию gtk-window-decorator используется для эмуляции текущей темы Metacity, но также имеет свои собственные темы, основанные на Каире.

Так что, хотя они могут выглядеть похожими в некоторых аспектах, кроме используемых файлов тем, они лежат в основе кода.

Но зачем вообще иметь оба?

Потому что для работы Compiz требуется лучшее оборудование. Многие люди до сих пор не имеют аппаратного обеспечения, поддерживающего DRI, поэтому в Ubuntu есть и то, и другое, чтобы предоставить всем рабочий стол.

Используется один или другой в зависимости от ваших настроек. Если вы откроете Система -> Настройки -> Внешний вид и перейдете на вкладку визуальных эффектов, если вы не выберете ни одного, тогда будет использован metacity, в противном случае - compiz.

Одновременно можно использовать только один оконный менеджер. Как писал psusi , Ubuntu выбирает между Metacity и Compiz в зависимости от ваших настроек.

Metacity и Compiz - это всего лишь два оконных менеджера, доступных в стандартной настройке Ubuntu, но их гораздо больше, и большинство из них можно использовать с Gnome. xwinman дает хороший обзор того, что доступно, и дает краткое объяснение общих концепций оконных менеджеров.