Хотел бы отдельно дефрагментировать Vista, понимая, что Ubuntu это не нужно. Хотя файлы Ubuntu находятся на диске c, это вызовет проблемы?
Wubi создает виртуальный диск (такой же, как любая виртуальная машина, например VirtualBox или VMWare), который можно дефрагментировать в Windows, как и любой другой файл. Не стесняйтесь дефрагментировать в Vista - это не повлияет на wubi.