Почему мусор показывает некоторые файлы, даже если в нем ничего нет?

Возможно, в корзине есть скрытые файлы. Переключите видимость скрытого файла с помощью Control H .

Попробуйте проверить от имени root:

gksudo nautilus

Что находится в папке «Корзина».

Я испытал то же самое после того, как мой диск был полностью заполнен. После этого я опустошил корзину, но даже после перезагрузки я все же получил сводку, сообщающую мне об оставшихся файлах в корзине.

Вы должны быть в состоянии избавиться от всего этого, запустив

rm -rf ~/.Trash/*

(возможно, с помощью «sudo»). Насколько я знаю, техническая основа состоит в том, что в корзине содержится сводный файл .trashinfo, который может не синхронизироваться с реальным содержимым на диске.