Я обнаружил, что это произошло потому, что VirtualBox думал, что я держу клавишу Alt. Фокусировка гостевой ОС и нажатие Alt несколько раз, похоже, восстанавливают правильную прокрутку.
См. Https://www.virtualbox.org/ticket/6171
Теперь я могу воспроизвести это на будет выполняться со следующей последовательностью операций: выключение VirtualBox в другую программу Удерживайте нажатой клавишу Alt Нажмите окно VirtualBox. Обратите внимание, что колесо прокрутки перестало работать