Ошибка у меня была, я думаю, очень похожа:
Gkr-Message: secret service operation failed: The name org.freedesktop.secrets was not provided by any .service files
Я установил gnome-keyring и ее зависимости, и моя проблема была решена. Лучше всего предположить, что запуск apt-get autoremove вызвал эту ошибку в первую очередь. (Я не рекомендую запускать эту команду).