Есть ли способ сделать уведомления темной темой?

Да, существует, но не использование темной темы по умолчанию, Yaru-темной. Проблема состоит в том, что Yaru не имеет темной темы для оболочки (см. этот поток).

Можно сделать следующее:

1. Установите Пользовательское расширение Тем.
2. Тонкие настройки установки: sudo apt install gnome-tweak-tool.
3. Установите тему, которая имеет темную тему оболочки. Одна опция является Дугой из репозиториев: sudo apt install arc-theme, хотя это не делает довольно пригодного Yaru.
4. Откройте Tweaks, переместитесь в Extensions и активируйтесь User Themes. Затем перейдите в Appearance, и под Shell выбрать Arc-Dark.

Ваша оболочка является теперь тематической темнотой. Я любил бы лучшие предложения, чем Темный как дуга.