/ run / lock и / run / shm отсутствуют

Заменить sudo apt-get upgrade на sudo apt-get dist-upgrade

sudo apt-get upgrade обновлять установленные пакеты и никогда не устанавливать новые пакеты.

sudo apt-get dist-upgrade обновляет установленные пакеты и может устанавливать новые пакеты по путь.