Если вам нужен Джек для чего-то в Blender и вы хотите сохранить Skype (почему бы и нет), установите jackd libjack-jackd2-dev, которые не конфликтуют со Skype, но предоставляют ту же функциональность. Вы должны иметь возможность включить WITH_JACK в CMake, и он должен быть построен, и он должен работать. Это работает для меня, поскольку я печатаю это, по крайней мере.