Где менеджер обновлений?

Две попытки попробовать (из командной строки):

Сначала:

fromdos filename.tex

(требуется пакет tofrodos).

Во-вторых:

iconv -c -f UTF-8 -t UTF-8 filename.tex > filename-copy.tex

Это должно удалить любые символы, не совместимые с UTF-8.

(Вы также должны следовать рекомендациям в другой ответ о введении \usepackage[utf8]{inputenc} в ваш .tex источник.)