Это отличный вопрос! Это на самом деле очень много, с программной точки зрения. Программы, процессы и приложения, такие как установщик Ubuntu, lightdm и gdm, действительно должны знать, зашифровывается ли $ HOME зашифрованным или приватным, и если они настроены правильно.
Недавно я написал utility, ecryptfs-verify-private, который был выпущен в версии 96 eCryptfs.