На этот вопрос уже есть ответ здесь:
Когда я нажимаю кнопку play, файл Exe просто закрывается и открывается снова. Это происходит только после того, как я установил мод. Обычный работает нормально.
Вы не можете запускать исполняемые файлы Windows в Ubuntu. Скачать Minecraft для Linux