С тех пор, как я обновился до 13.10, значки на панели Unity появляются в стандартной теме Gnome вместо Unity.
Вот скриншот: http://i.imgur.com/9cU15wK.png
Как инструмент настройки юнитов, так и инструменты настройки гномов показывают, что выбранной темой иконок является Ubuntu -моно-темнота.
Выполнение setsid unity
исправляет значки для текущего сеанса, но после повторного входа в систему значки возвращаются к стандартной теме Gnome.
Если память не подводит меня, то название темы Icon не Ubuntu-mono-dark, а Humanity.