Как очистить настройки xmodmap?

Поскольку для этого изменения нет предпочтения, тогда, если для этого нет ключа GConf (что я сомневаюсь), вам не повезло, если вы не захотите сами изменить исходный код Nautilus и создать свой собственный Nautilus.

Общий подход в Gnome заключается в том, чтобы обеспечить как можно меньше настроек - все это во имя простоты и удобства использования. Это мышление меня раздражает.