Если вы используете Disk Analyzer как обычный пользователь, могут быть некоторые файлы, к которым вы не можете получить доступ или посмотреть. Вы можете попробовать запустить его с привилегиями суперпользователя. Откройте терминал или нажмите ALT + F2 и введите:
gksudo baobab
Baobab - это причудливое имя Disk Analyzer, если вам интересно. Может быть, теперь он может показать вам, где эти недостающие мегабайты.