Бэш отказывается выполнять правильные двоичные

У Bash действительно есть «кеш» для недавно просмотренных программ. Вы можете использовать hash -r, чтобы очистить этот кеш в оболочке. Альтернативы:

Просто закройте текущую оболочку и откройте новую. Поставьте полный путь, например: /usr/bin/pdflatex file.tex

which - внешняя программа. Он всегда будет сообщать о программе как совпадающей в текущем состоянии. Чтобы исследовать, какая команда выполняется оболочкой, используйте встроенный type.

Демонстрация кеша:

$ which acpidump /usr/bin/acpidump $ type acpidump acpidump is /usr/bin/acpidump $ acpidump -h &>/dev/null # trigger a lookup $ type acpidump acpidump is hashed (/usr/bin/acpidump) $ mv ~/bin/acpidump{.x,} # make acpidump available in PATH $ which acpidump /home/peter/bin/acpidump $ type acpidump acpidump is hashed (/usr/bin/acpidump) $ hash -r # clear cache $ type acpidump acpidump is /home/peter/bin/acpidump