Я не могу прокомментировать аспект Adobe, но у меня была аналогичная проблема с Synaptic на Ubuntu 12.04, когда я использую тему из ~/.themes, а не из /usr/share/themes. Причина в том, что программы, которые нуждаются в sudo, не будут следовать теме из ~/.themes.
Редактирование: хорошо, вот ссылка на некоторые советы, которые я получил о том, как использовать тему с ~ /.themes и программы, запущенные через sudo, выглядят хорошо. В основном это связано с использованием символических ссылок из папки Synaptic в папку root:
sudo ln -s ~/.themes /root/.themes
sudo ln -s ~/.icons /root/.icons
Ну, насколько я ненавижу отвечать на собственный вопрос, это был один из жестких дисков. Отключить его, и проблема исчезла. SimplySimon заслуживает доверия за ответ.