Существует безболезненный установщик для mysql 5.5 на debian на dotdeb.org. У них есть инструкции о том, как получить свой репозиторий, указанный в aptitude, здесь: http://www.dotdeb.org/instructions/. После этого я использовал Synaptic для обновления mysql-сервера до версии 5.5. Он работал без сучка и задоринки.