Ubuntu 12.04 предоставляет через apt-get smartmontools (smartctl) 5.41 (выпущено 2011-06-09).
Последняя версия smartmontools - 6.2, а пакет для этого доступен с 14.04.
Есть ли какая-то причина, по которой мне не следует устанавливать пакет 6.2 под 12.04?
Нет, вы не можете установить версию 6.2 пакета smartmontools
на Ubuntu 12.04.
См. на этой странице. Для каждой версии Ubuntu были разработаны отдельные версии пакета smartmontools.
Версия 6.2 была только для Ubuntu 14.04, аналогично для всех других версий Ubuntu.