Установите background=false в .conkyrc и убедитесь, что вы не автозапускаете Conky с флагом -d. Я пробовал каждое другое предложение, которое мог найти, а иногда они работали, а иногда и нет, и даже если бы они работали, это было только на некоторое время.
Примечание: если вы случайно скроете все окна, используйте Super + D, чтобы вернуть Conky.