Эта проблема обычно вызвана одной из следующих причин:
Вы смешиваете пакеты из двух слегка несовместимых репозиториев. Ошибка упаковки.В любом случае, без базовых пакетов обычно безопасно принудительно устанавливать установку с помощью dpkg, а затем возобновлять операцию.
sudo dpkg --force-overwrite -i /var/cache/apt/archives/drkonqi_5.12.4-0neon+16.04+xenial+build16_amd64.deb
Обязательная оговорка от dpkg manual:
Внимание: эти опции в основном предназначены для использования только экспертами. Использование их без полного понимания их эффектов может нарушить всю вашу систему.После принудительной перезаписи этого файла вы можете, вероятно, возобновить обновление.
sudo apt-get dist-upgrade
Рабочий стол Cinammon имеет нечто известное как зависимости пакетов, большинство из которых выполняются пакетами ubuntu-desktop (Unity) и gnome-shell (GNOME).
Rater, чем определить каждую отдельную зависимость пакета, Cinammon использует мета-пакет ubuntu-desktop.
Что касается Xubuntu, это не должно. У меня были KDE, LXDE, XFCE, Unity и gnome-shell, установленные на одной машине без проблем.