На этот вопрос уже есть ответ здесь:
Есть ли способ защитить паролем или заблокировать папку в Ubuntu, которую также можно открыть в Windows 8 ?? Я использую Windows 8 и ubuntu 14.04
Можно использовать ecryptfs-utils
для шифрования папки, и она просит пароль под Ubuntu. Не уверенный в Windows все же.