Почему он показывает такой большой размер файлов?

Это - файл /proc/kcore, который по некоторым причинам выглядит настолько большим. Просто исключите /proc из своего списка папок для получения более реалистического результата.

/proc/kcore конкретно файл, который отображается непосредственно на каждый доступный байт в Вашей виртуальной памяти. Это - системный файл, обеспеченный виртуальным procfs файловая система, и не является реальным файлом.