Мне очень любопытно, как это повлияет на настройки BIOS. И как это повлияет на grub2. У меня двойная загрузка 15.04 с windows 8.1
Зависит от того, как Ваша система настроена. Обычно, если Windows установлен после Linux он перезаписывает MBR или загрузочный сектор диска, устанавливающего его собственный BCD. Windows BCD действительно поддерживает мультиначальную загрузку к Ubuntu, но это не столь изящно, как GRUB. Можно переустановить GRUB после, если это происходит путем следования инструкциям здесь:
https://help.ubuntu.com/community/RecoveringUbuntuAfterInstallingWindows
Обычно это ничего не должно делать. Я предложил бы резервное копирование tho в случае, если процесс установки перестал работать. Я сделал это сам и никакие проблемы, где быть замеченным.