Если вы установили Synaptic, вы можете выбрать пакет и использовать меню Package -> Lock Version, чтобы предотвратить его обновление.
Вы можете установить Synaptic с sudo apt-get install synaptic. Я лично считаю его более полезным, чем Software Center ... опять же, я довольно старая школа. :
)