Как заменить дубликаты файлов на новые версии?

У меня есть несколько ручных резервных копий одних и тех же папок, но когда я их копировал, я не заменял старые файлы новыми. Я просто сделал новые папки, сохранив старые и новые резервные копии. Теперь у меня есть 2 терабайта резервных копий, которые я потерял. Я хотел бы объединить все данные резервной копии в одну версию каждого файла, сохранив только новые файлы? Проблема в том, что старые и новые файлы теперь перепутаны и не обязательно должны быть там, где они должны быть. Можно ли это исправить без CLI?