Я использую Ubuntu 14.04 с Compiz 0.9.11.3. Не все наложенные значки в режиме распространения соответствуют теме значков.
Например: emacs24, gimp, libre office, Mathematica, Google-chrome, sublime.
[emacs имел жестко запрограммированный путь к значку hicolor, но его изменение не изменило значок наложения (даже после перезапуска unity / compiz).]