ffmpeg -i input.rmvb -c:a copy output.mp4
Работал для меня.
У вас должно быть что-то вроде этого: linux-header-xxxx linux-header-xxxx-generic (возможно, generic-pae или i686) linux-image-xxxx
Если они являются той же версией, я предлагаю вы оставляете их, но если они разные версии, то можно оставить только те, которые вы используете сейчас.
Из того, что я знаю, общее ядро используется любым драйвером, которому нужны заголовки или модули для текущего ядра, знает как найти соответствующие данные.
Надеюсь, я был достаточно ясен.