Как я могу добавить документы и музыку обратно в закладки моей папки?

Для добавления их назад, необходимо отредактировать файл ~/.config/user-dirs.dirs и добавить их, въезжают задним ходом, это - файл, как он считает мою систему, поскольку я изменил имена все, чтобы быть различным и нижним регистром:

# This file is written by xdg-user-dirs-update
# If you want to change or add directories, just edit the line you're
# interested in. All local changes will be retained on the next run
# Format is XDG_xxx_DIR="$HOME/yyy", where yyy is a shell-escaped
# homedir-relative path, or XDG_xxx_DIR="/yyy", where /yyy is an
# absolute path. No other format is supported.
# 
XDG_DESKTOP_DIR="$HOME/desktop"
XDG_DOWNLOAD_DIR="$HOME/downloads"
XDG_TEMPLATES_DIR="$HOME/templates"
XDG_PUBLICSHARE_DIR="$HOME/share"
XDG_DOCUMENTS_DIR="$HOME/doc"
XDG_MUSIC_DIR="$HOME/music"
XDG_PICTURES_DIR="$HOME/pictures"
XDG_VIDEOS_DIR="$HOME/"

можно отредактировать это с gedit через GUI или с предпочтенным текстовым редактором в терминале. Если файл держится в стороне, изменение делают это только для чтения, чтобы препятствовать тому, чтобы система изменила его.