Откройте View> Output, выберите 'Управление исходным кодом - Мерзавец' в Выставочном Выводе от и проверьте на любые ошибки. Как другие упомянули, любая ошибка в Мерзавце заставляет Проект MS тихо проигнорировать любые изменения.