Как я могу изменить корень на пользовательский каталог?

Если я понимаю Вас правильно, Вы всегда можете:

exit

И затем pwd снова.

В Вашей первой части root@raselkhan:~# pwd, имя пользователя root и каталог, в котором Вы в настоящее время находитесь, ~ т.е. корневой каталог. Поскольку пользователь root, и корневой каталог root /root, pwd команда, справедливо показывающая печать рабочий каталог /root.

Теперь в Вашей второй части khan@raselkhan:~# pwd, имя пользователя khan, и текущий каталог ~, который снова означает корневой каталог пользователя. Поскольку пользователь в этом случае khan, таким образом, эти pwd покажет /home/khan (я думаю, что Вы по ошибке ввели /khan/home).