Позволяет предполагают, что я хочу переименовать файл:
"topography_9x9. _ 001.png" к "topography_9x9_001.png"
Я использовал бы
rename -n s/9\./9/g
topography_9x9._001.png renamed as topography_99_001.png
Почему точка не маскируется обратной косой чертой?
Вы не заключили regex в кавычки, таким образом \
интерпретировался оболочкой:
$ echo rename -n s/9\./9/g
rename -n s/9./9/g
Кавычка Ваш regexes:
rename -n 's/9\./9/g'