Я подумываю написать несколько функций объектива, чтобы связать Unity с некоторыми бизнес-приложениями в Интернете, нужно ли мне настраивать оба варианта Unity отдельно или я могу сделать это и предположить, что другой будет работать?
Да, линзы взаимозаменяемы между 2D и 3D.
После установки в систему объектив будет отображаться на любом рабочем столе. С точки зрения развития вам не нужно беспокоиться о том, какой пользователь использует, Unity сама обрабатывает все это для вас.