Как сохранить значок в единстве запуска и удалить с рабочего стола?

Из источника создайте пакет .deb, соответствующий процедуре ручной установки, используя checkinstall:

sudo checkinstall make install

После создания и установки пакета вы можете удалить его:

sudo dpkg -r package_name

Как правило, лучше использовать checkinstall во время начальной установки, так как это позволяет вам легко откатить установку.